中法工程师学院采用本-硕连贯培养模式，阶段性颁发毕业证书和学位。

本科阶段结束时，考核合格的学生可以获得北航颁发的本科毕业证书以及“数学与应用数学”、“信息与计算科学”、“应用物理学”或“工程力学”四个专业之一的学士学位；  

研究生阶段结束时，考核合格的学生可以获得北航颁发的研究生毕业证书和“系统工程”（学术型）或“工业工程”（专业型）硕士学位及法国工程师职衔证书。